Prisciliano y cuatro de sus seguidores fueron condenados a la pena de muerte. La condena fue consumada en el lugar donde se llevaban a cabo las decapitaciones en Tréveris, en la denominada Puerta Negra, construida por los romanos y que todavía se conserva a día de hoy.
En el fondo nadie se esperaba que todo este proceso acabase de esta manera. La conmoción por estas sentencias fue muy grande en la toda la Iglesia, no solo en la hispánica sino también en occidente.
En su triste fin tuvo mucho que ver que los acusados fueran personajes ricos pertenecientes a la nobleza, ya que como aristócratas poseían una serie de bienes y el emperador usurpador Máximo, que tenía muchas necesidades de fondos, vio una oportunidad para llenar sus maltrechas arcas.
Prisciliano quiso evitar en todo momento un juicio eclesiástico, ya que pensaba que de ser así sufriría una persecución por parte de la Iglesia y para evitar eso eligió un juicio civil, equivocándose gravemente al tomar esa elección, ya que en el primer caso los bienes de la Iglesia no se podían tocar, pero en el segundo el emperador se quedaría con ellos.
Por eso le interesaba tanto al emperador Magno Clemente Máximo que Prisciliano fuese condenado. Dos eran las razones.
La primera. Si realmente se trataba de un hereje, el emperador Máximo se convertiría en un defensor de la ortodoxia cristiana y así se ganaba las simpatías del clero y el apoyo para su causa.
La segunda. Quizá la que los investigadores consideran la más importante, que el emperador quería quedarse con todos los bienes de los acusados al tratarse de gente rica.
Sulpicio Severo nos relata que a la muerte de Prisciliano sus funerales se celebraron con gran solemnidad; y que cuando en el año 388, Máximo es derrotado y decapitado por Teodosio, varios discípulos viajan hasta Tréveris, con el permiso de roma, para exhumar los restos del mártir y traerlos a Hispania, siendo a partir de ese momento cuando comenzó a tener mucha fuerza el priscilianismo.
De todos los lugares por donde se extiende será en Gallaecia y más concretamente en lo que hoy es Galicia, a partir del siglo IV, el lugar donde se asiente el núcleo más fuerte del priscilianismo, perteneciendo a este movimiento casi la totalidad de los obispos gallegos.
Es en el año 1900 cuando el hagiógrafo francés Louis Duchesne publica en la revista de Toulouse “Annales du Midi” un artículo bajo el título «Saint Jacques en Galice» en el que sugiere, como una hipótesis, que quien realmente podría estar enterrado en la catedral de Santiago de Compostela sería Prisciliano.
A partir de aquí muchos lo convirtieron en una afirmación. Según el escritor Ramón Chao, dice que Unamuno exclamó que las reliquias de Compostela eran de Prisciliano y no de Santiago.
Hay quien dice que sus restos se trajeron por mar y entroncarían con la leyenda jacobea de que llegaron a Padrón y hay también quienes piensan que vinieron por tierra atravesando en centro de Francia inaugurando así el Camino de Santiago.
En contra diremos que para algunos resulta extraño que alguien traiga los restos de un mártir, desde un lugar tan lejano como Tréveris, para enterrarlos en un lugar en el medio del monte donde nadie sepa de él. Además, en aquella época, al igual que ahora, a un obispo siempre se le enterraba en el lugar donde había sido obispo, por lo tanto se habría enterrado en Ávila.
A lo largo del tiempo la memoria de Prisciliano prácticamente había desaparecido de Galicia, hasta ser resucitado por el “Rexurdimento”, por Murguía y posteriormente por la “Xeneración Nos” que lo reivindicaron como parte del alma de nuestra tierra. Así como Otero Pedrayo que escribió sobre él en muchas ocasiones gracias a su gran conocimiento de los textos franceses y alemanes que narraban la historia del mártir.